Saaremaal algas rahvakoolide rajamine hiljem kui mujal Eestis – nimelt 1655. a ning toimus põhiliselt Põhjasõja algusaastatel. Võib oletada, et ka Mustjalas on kool loodud Rootsi aja lõpul. Mustjala omapäraks tuleb lugeda seda, et 18. sajandi 20. aastatest alates on siin tegutsenud eestlastest koolmeistrid.

On teada, et aastail 1730 – 40 oli koolimeistriks Ugga Simmo, pärast teda üle 50 aasta Ugga David, tõenäoliselt Simmo poeg. Õpetati ristiusu põhitõdesid ja lugemist.

Esimene kihelkonna poolt ehitatud koolimaja valmis 1770. a. 1784. a antud kooliplakatiga nõuti lisaks senistele kirikukoolidele talurahvakoolide ehk külakoolide asutamist. 1817. a Mustjala kihelkonnas 10 külakooli. 

Koolides olid ametis järgmised koolmeistrid :  

Paatsas – Lauri Simo, 

Pangal – Sebi Jürri, 

Järisel – Pärna Laas, 

kahes Võhma koolis – Suitsu Jüri ja Tähna Redik, 

Rahtlas – Kadariko Hain, 

Ninasel – Kuldi Herm, 

Abulas – Handi Tarvi Simmo, 

Selgasel – Jürna Mats, 

Vanakubjal – Vanakubja Reedik. 

Kokku õppis neis külakoolides 19. saj keskpaiku üle 300 lapse. Pärast külakooli lõpetamist õppis tavaliselt kümmekond andekamat poissi edasi Mustjala kihelkonnakoolis. 1823 – 44 külakooli õpetajaks Laas Pihler 1844 – 54 õpetajaks Friedrich Kiel 1854 – 71 Andres Allas 1873. a Mihkel Teäär tõi sisse kuupäevase koolinädala (varem käidi koolis vaid kaks päeva nädalas). 

1888. a sai kihelkonnakool uue, otseselt koolimajaks ehitatud hoone, mis 1897 ära põles. Selle järel asus kool paar aastat Vanakubja külas Magnuse talus ning 1899 asus samas külas ehitatud uude koolimajja.

Eesti Vabariigi ajal kujundati koolivõrk ümber. 1929. a kujundati kihelkonnakool ümber Mustjala 6-klassiliseks algkooliks. Kool töötas kahes osas: V ja VI klass endises luteri usu kihelkonnakoolis Vanakubjal (nn Lembri kool), III ja IV klass endises apostliku õigeusu kihelkonnakooli majas Alevi külas (nn vene kiriku kool), I ja II klass tegutsesid Vanakubja algkoolina.

10.09.1935. otsustas vallanõukogu ehitada uue koolimaja, 14.11.1936. valiti eesotsas Eduard Lemberiga ehituskomisjon. 

1938. a suvel sai maja katuse alla, sügisel kolis majja vallavalitsus.

9.01.1939. a alustas uutes ruumides tööd Mustjala algkool. Koolijuhatajana töötas Eduard Lember, õpetajana Mihhail Vapper ja Salme Kaasik. 

1945. – 1953. a. töötas kool 7-klassilisena.  

1953. a. kannab kool nime Mustjala Keskkool.

1960. a. kannab kool Mustjala 8-klassilise kooli nime.  

1981. a. sügisest alustas kooli juures tööd 6-aastaste klass.  

1988. a. nimetati kool 9-klassiliseks.

1989. a. toimub I vilistlaste kokkutulek ja õnnistati sisse kooli lipp.

1992. a. kooli nimeks Mustjala Lastead-Põhikool.  

1993. a. koolil oma söökla.

1994. a. II vilistlaste kokkutulek.

1997. –1998. a. sai maja põhjaliku uuenduskuuri, vahetati aknad.

1999. a. paigaldati ventilatsioon.

1999. a. III vilistlaste kokkutulek.

2004. a. IV vilistlaste kokkutulek.  

2005. a. kool saab endale uue täismõõtmetega spordisaali.

2009. a. V vilistlaste kokkutulek.

2010. a. kolib  kooliga ühte majja  lasteaed ning kooli ette ehitatakse kaasaegne laste mänguväljak 2011. a koolile ehitatakse uus küttehoidla.

2012. a. koolimaja soojustamine: uus katus, aula soojustamine 

2013. a. kooli esifasaadi ja peasissekäigutrepi ehitus 

2013.a kõik õpetajad varustati arvutitega.  

2014. a. VI vilistlaste kokkutulek.

2015.a. teise korruse põranda renoveerimine, algklassidesse arvutite  ja uue koolimööbli soetamine.